以商务部、海关总署2014年第90号公告发布的新版《加工贸易禁止类商品目录》2015年1月1日起开始实施，新目录仍将肥料(化肥)商品的进口和出口列入加工贸易禁止类商品。
  加工贸易是我国外贸进出口的一种重要方式，是以全部或部分进口原料、利用本国的生产能力和技术加工成成品后再出口获得外汇。进料加工、来料加工是常见的加工贸易形式。自改革开放初期至今，加工贸易为我国外贸增长和制造业水平提高作出了重要贡献。自1999年起，我国对加工贸易进行分级管理，首次设立了禁止加工贸易类和限制加工贸易类。2007年4月5日之前，以进口煤炭生产氮肥出口、以进口硫磺生产磷铵出口都不属于禁止和限制类加工贸易。以磷酸二铵为例，2006年和2007年以进料加工贸易方式分别出口了33.27万吨和64.84万吨，占当年各种贸易方式出口总量的比例分别为42%和33%。以加工贸易方式出口磷酸二铵时，对所用的进口原料实行保税管理。所消耗的经海关认定定额内的进口硫磺等原料，免征进口环节增值税和进口关税；出口磷酸二铵时，只对消耗的国内原料部分征收出口关税和出口增值税。
  根据国务院要求，商务部和海关总署自2007年4月26日起所有肥料(包括有机肥料、化学矿物肥料、复合肥料等)的进出口列入加工贸易禁止类目录，不再允许对进口原料实行加工贸易保税政策。这是在当时为保障国内肥料供应的大背景下作出的政策调整。
  另外，为生产出口型农产品而进口化肥等农业生产资料自1999年以来一直被列入禁止加工贸易目录。1999年6月1日起，中国第一个禁止加工贸易目录明确规定，禁止为种植、养殖等出口农产品而保税进口的化肥等农业生产资料。这主要是出于国家农产品出口管制要求和化肥进口国营贸易资质管理要求。
  化肥调控市场化改革方向下应探讨适时调出加工贸易禁止出口目录。近日，针对2015年度化肥出口关税调“松”事项，接受行业媒体采访时，财政部关税司相关人士表示，化肥征收出口关税十年来调整的主线是市场化。国内化肥市场已经从之前的“紧平衡”发展到现在的“保障有余”，适度放宽出口是兼顾生产企业的利益。笔者认为，中国是全球最大的硫磺、煤炭进口国，在市场化改革的进程中，适时放开氮肥、磷肥的加工贸易出口，不仅不会国内化肥供应紧张，而且还会充分发挥相对过剩的装置产能，降低化肥综合生产成本。更重要的是，加工贸易方式出口的化肥，保税部分是消耗的进口煤炭和硫磺等原料，国内原料成本部分照章征收出口税，与国内资源保护并没有冲突。
                商务部