微生物肥料主要有3类产品，它们分别是农用微生物菌剂、生物有机肥、复合微生物肥料。与这3类主要产品对应的技术指标分别是(GB 20287-2006)、(NY 884-2012)、(NY/T 798-2004)。
　 农用微生物菌剂是由一种或一种以上的功能微生物（有效活菌）经工业化生产增殖后直接使用，或经浓缩或经载体吸附而制成的活菌制品。其特点是菌数高，用量少，使用各种功能菌种，产品品种多；适用对象广；涉及试验设计、效果评价的参数与指标也多样。主要有9个品种，包括：根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、溶磷菌剂、硅酸盐菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂(秸秆、粪便等)、促生菌剂、复合菌剂、菌根菌剂和生物修复菌剂(农药残留降解、克服作物重茬)。适用范围：作物、土壤；秸秆(腐熟剂)、农残种类(修复剂)。例如：有机物料腐熟剂就是能加速各种有机物料(农作物秸秆、畜禽粪便等)腐熟的微生物活体制剂，产品的技术指标符合《农用微生物菌剂》(GB20287-2006)或农业行业标准《有机物料腐熟剂》(NY609-2002)。其产品中菌种的要求及其组合应使用可产纤维素酶、半纤维素酶和木质素酶的功能菌种，常由不少于3种的功能菌组成。应以产品加速(促进)秸秆的腐解进行效果评价。目前将有机物料腐熟菌剂的适用范围分为：农作物秸秆(秸秆腐熟菌剂)、畜禽粪便(畜禽粪便腐熟菌剂)和适用两者(农作物秸秆、畜禽粪便)。
　　生物有机肥是由特定功能微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。其特点是在优质的有机肥(腐熟后)中，再添加功能微生物。
  复合微生物指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质(氮磷钾等)复合而成的活菌制品。粉剂和颗粒剂型产品中的氮磷钾总含量不高于25%在6%～25%范围内；液体剂型产品在4%以上。其特点是含有功能菌、氮磷钾养分和有机载体组成；平衡肥料的速效与长效供给需求。达到“化肥速效、有机肥长效、微生物肥料促效与转化”的综合效果。
  按照《农用微生物菌剂生产技术规程》(NY/T883-2004)，微生物肥料生产条件包括5个主要生产技术环节，分别是菌种保存与选用；菌种的发酵增殖扩繁；产品后处理(混拌、烘干、造粒)；产品包装(分装机)；产品质量检验等。
  农业部微生物肥料和食用菌菌种质量监督检验测试中心主任 李俊